Metode Average Linkage disebut juga group average, dimana jarak antara dua buah cluster dihitung dari rata-rata jarak antara anggota cluster satu dengan cluster yang kedua. Langkah-langkah analisis cluster dengan metode Average Linkage adalah pasangan objek yang berdekatan digabungkan menjadi satu cluster, kemudian menghitung jarak kedekatan kedua objek yang sudah bergabung tersebut dengan responden yang lain. Penelitian ini mengimplementasikan metode Average Linkage ke dalam program dengan tujuan untuk memudahkan pengelompokkan sekolah dalam kasus pengelompokkan Sekolah Menengah Pertama (SMP) di Kabupaten Bondowoso berdasarkan nilai rata-rata hasil Ujian Nasional (UN) tahun ajaran 2014/2015.

Deteksi outliers menggunakan metode Mahalanobis Distance menemukan salah satu data yang dapat disimpulkan sebagai outliers dengan nilai sebesar 26.29997 yaitu Smp NU 04 Pekalangan Tenggarang. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan hasil pengujian sistem menggunakan perangkat yang ada, diketahui bahwa proses yang memakan banyak waktu terjadi pada proses perhitungan matriks kedekatan objek. Dari jumlah 55 data sekolah, dibutuhkan rata-rata waktu eksekusi program yaitu 17557.9645 detik atau 5 jam 28 menit. Sedangkan hasil dari simulasi pembentukan 13 cluster, 27 cluster dan 40 cluster, waktu eksekusi program mengalami peningkatan pada setiap tahap pembentukan clusternya. Semakin banyak cluster yang dibentuk, maka waktu eksekusi program membutuhkan waktu yang relatif lebih lama.