Proses pembelajaran tidak mungkin terwujud dengan baik jika guru dan siswa tidak didukung oleh media yang sesuai, dimana media pembelajaran adalah alat. Alat peraga 3D yaitu media yang tampilannya dapat diamati dari arah pandang mana saja dan mempunyai dimensi panjang, lebar dan tinggi/lebar serta dapat menjelaskan prosenya dengan memahami materi dihadapkan objek yang menyerupai bentuk aslinya sehingga mempermudah siswa dalam membuat pertanyan dan jawaban, karena sistem ekskresi materi yang sukar dan bersifat konkrit.
Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah PTK, meliputi 4 tahap yaitu (1) Perencanaan, (2) Pelaksanaan, (3) Observasi, dan (4) Refleksi. Penelitian pada tanggal 12 April 2016 sampai tanggal 23 April 2016 di kelas XI IPA MA Muhammadiyah 1 Watukebo Ambulu. Peneliti menggunakan empat metode pengumpulan data diantaranya, yaitu observasi, wawancara, tes, dan dokumentasi.
Berdasarkan hasil penelitian diperoleh hasil peningkatan ranah kognitif siklus I mencapai 70,00% dan pada siklus II mencapai 85,00% mengalami peningkatan sebesar 15,00%. Selanjutnya hasil peningkatan ranah afektif siklus I mencapai rata-rata 71,39% pada siklus II mencapai rata-rata 85,6% mengalami peningkatan sebesar 13,61%. Sedangkan pada ranah psikomotor siklus I mencapai rata-rata 67,1% dan pada siklus II mencapai rata-rata 85,8% mengalami peningkatan sebesar 18,75%. Dimana hasil belajar sudah mencapai ketetapan secara klasikal 75%.