Terdapat perbedaan antara idealitas sistem merit dengan realitas praktik mutasi di
lapangan. Sistem merit menghendaki bahwa pengangkatan dan pemindahan
jabatan ASN didasarkan pada kompetensi dan prestasi kerja, namun faktanya
mutasi yang terjadi lebih dipengaruhi oleh pertimbangan politik dan kedekatan
personal dengan kepala daerah. Sebagai contoh, KASN telah menemukan bahwa
beberapa ASN yang dimutasi tidak memenuhi kualifikasi jabatan yang ditempati,
seperti pejabat pemerintahan dan tenaga medis (dokter gigi dan perawat) yang
dipindahkan ke jabatan non- medis tanpa alasan yang jelas dan objektif.
Perbedaan ini juga terlihat dari lemahnya fungsi pengawasan. Meskipun secara
struktural terdapat lembaga pengawas seperti KASN, Inspektorat Daerah, dan
mekanisme pengawasan dari Kementerian Dalam Negeri, namun dalam
praktiknya pengawasan tersebut belum efektif mencegah terjadinya
penyimpangan. Rekomendasi KASN yang menemukan pelanggaran sistem merit
dalam mutasi ASN di Kabupaten Jember justru tidak ditindak lanjuti secara
tegas oleh pihak berwenang, sehingga menciptakan ketidakpastian hukum dan
menurunkan kepercayaan ASN terhadap sistem kepegawaian yang ada.