Kesehatan sangatlah penting bagi manusia khususnya anak balita yang rawan dan rentan terhadap gangguan berbagai macam penyakit, karena itu dengan tubuh yang sehat balita akan tumbuh kembang dengan baik dan sehat. Adapun sebab-sebab anak balita terserang penyakit karena disebabkan oleh berbagai macam faktor antara lain kebersihan makanan maupun lingkungan, Gigitan Nyamuk dan kuman penyakit. Penyakit tersebut jika tidak ditangani dengan serius akan berakibat fatal. Pada Tugas Akhir ini dirancang sebuah sistem untuk mendeteksi jenis penyakit pada anak balita. Sistem yang dirancang berbasis JAVA sistem pakar diagnosa penyakit dengan menggunakan metode certainty factor. Hasil pengujian telah menghasilkan nilai kepastian (Certainty Factor) setiap penyakit yaitu Campak dengan nilai 0,94, Demam Berdarah dengan nilai 0,94, Cacar Air nilai 0,96, Diare dengan nilai 0,80, dan Polio dengan nilai 0,97 . Untuk akurasi Campak 88%, DBD 89%, Cacar Air 90%, diare 89%, polio 90% dan akurasi keseluruhan 89%.