Salah satu jenis keanekaragaman hayati dari kelompok flora di Indonesia adalah tumbuhan paku (Pteridophyta) yang diperkirakan terdapat 1500 jenis. Tumbuhan paku merupakan tumbuhan yang memiliki ciri khas tersendiri, yaitu dengan adanya daun muda yang menggulung, serta mampu menghasilkan spora dalam bentuk sporangium. Identifikasi tumbuhan paku dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui nama dari tumbuhan dan klasifikasinya untuk pembelajaran, khususnya dalam pembelajaran biologi. Salah satu cara untuk menentukan jenis tumbuhan yaitu dengan menginventarisasikan jenis tumbuhan tersebut, untuk membantu dalam inventasrisasi tumbuhan paku dengan komputerisasi menggunakan sistem pakar. Untuk menangani faktor ketidakpastian dalam penentuan familia pada tumbuhan paku maka Certainty Factor (CF) digunakan untuk penanganan masalah ketidakpastian dalam menentukan familia tumbuhan paku berdasarkan ciri. Dalam 2 kali uji coba terbukti prosentase keberhasilan akurasi hasil klasifikasi sistem dengan pakar pada 20 kasus hasil uji coba ke-1 dengan pakar 1 sebesar 80%. Sedangkan pada hasil uji coba ke-2 dengan kasus yang sama dengan pakar 2 sebesar 90%. Metode Certainty Factor cocok dipakai dalam sistem pakar untuk contohnya dalam penentuan familia tumbuhan paku.