Beberapa masalah ditemukan pada laporan keuangan pemerintah yang disebabkan oleh masih terbatasnya sumber daya manusia yang berlatarbelakang pendidikan akuntansi serta pengendalian internal yang ada belum signifikan efektif, masih terlihat longgar pengawasan yang ketat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah kompetensi sumber daya manusia dan Penerapan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah berpengaruh signifikan terhadap Kualitas Laporan Keuangan Pemerintah Daerah. Penelitian ini menggunakan bentuk penelitian survei melalui kuesioner sebagai alat penelitian yang disebar kepada 50 (responden) pegawai Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah (BPKAD) Pemerintah Daerah Kabupaten Bondowoso dengan pemilihan sampel jenuh. Pengujian yang dilakukan menggunakan uji validitas dan reliabilitas. Pengolahan data dianalisis dengan menggunakan statistik deskriptif dengan teknik analisis Regresi liier berganda menggunakan SPSS. Berdasarkan hasil penelitian menyimpulkan bahwa Kompetensi Sumber Daya Manusia (SDM) mempunyai pengaruh secara signifikan terhadap Kualitas Laporan Keuangan Pemerintah Daerah (LKPD) dan Penerapan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) mempunyai pengaruh secara signifikan terhadap Kualitas Laporan Keuangan Pemerintah Daerah (LKPD).