Dalam kondisi eksisting dermaga di Pelabuhan Pancer saat ini masih kurang efisien, terbukti dari keluh kesah para warga disana terutama pada kapal besar yang berukuran lebih dari 30GT masih belum bisa masuk ke dalam Pelabuhan, hal ini dikarenakan kondisi alur pelayaran serta kolam pelabuhan yang tidak memungkinkan kapal besar untuk bersandar sampai ke dermaga, dalam kajian alur pelayaran dan kolam pelabuhan ini di dapatkan jumlah kapal dengan ukuran 10-30 GT adalah 38 unit. Kondisi bathimetri bergelombang/tidak rata dengan kedalaman 1,3 m hingga kedalaman 7 m, tipe pasang surutnya harian ganda (semi diurnal tide). tinggi gelombang 0,25 m dan periode gelombang 1,8 d, tinggi gelombang pecah 0,0125 m dan kedalaman gelombang pecah 0,0325 m, kecepatan arus sebesar 0,27 cm/dt, perencanaan alur pelayaran total 2,7 m, lebar alur pelayaran 46,8 m, hasil pengerukan total alur pelayaran adalah 57500 m^3. Luas kolam pelabuhan 8143,13 m², lebar kolam putar 2418 m^2, kedalaman kolam pelabuhan 1,65 m. Hasil pengerukan kolam pelabuhan adalah 8750 m^3.