Pembelajaran Al-Qur’an memerlukan metode yang efektif untuk meningkatkan motivasi belajar siswa. Salah satu metode yang digunakan adalah Metode Wafa yang mengintegrasikan pendekatan otak kanan, multisensori, dan prinsip Quantum Teaching dalam proses pembelajaran Al-Qur’an. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan penerapan Metode Wafa dengan motivasi belajar Al-Qur’an siswa di SMP Muhammadiyah 4 Tanggul. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif dengan jenis penelitian asosiatif korelasional. Populasi penelitian berjumlah 49 siswa dan seluruh populasi dijadikan sampel melalui teknik sampling total. Pengumpulan data dilakukan menggunakan angket skala Likert, sedangkan analisis data menggunakan uji korelasi Pearson Product Moment dengan bantuan IBM SPSS Statistics 22. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat hubungan yang positif dan signifikan antara penerapan Metode Wafa dengan motivasi belajar Al-Qur’an siswa. Hal ini ditunjukkan oleh nilai koefisien korelasi sebesar 0,563 dengan nilai signifikansi 0,000 < 0,01. Nilai koefisien korelasi tersebut berada pada kategori sedang. Selain itu, nilai koefisien determinasi (R Square) sebesar 0,317 menunjukkan bahwa 31,7% variasi motivasi belajar Al-Qur’an berkaitan dengan penerapan Metode Wafa, sedangkan 68,3% berkaitan dengan faktor lain di luar penelitian.